Fire Monkey V8 HMW DNA提取提供30GB +产量在ONT矿物上测序

Renolugen标志

增加的收益率可以推动成本的一次性成本至35美元/ GB,为PACBIO达到10美元/ GB

  • Fire Monkey版本8(FMV8)记录 - 断开30GB +来自A的原始DNA数据的产量大肠杆菌单个牛津纳米孔技术(ONT)甲型流动细胞(图1)上的样品
  • 产量的提高提高了DNA的回收率,并改善了测序(图2)
  • 基于达到的产量,Fire Monkey V8可以降低DNA测序的一次性成本:在ONT成型到35美元/ GB;Pacbio在10美元/ GB以下(图3)
  • Fire Monkey V8提取适用于短读和长读测序的DNA,并升级Illumina用户的测序选项
  • 高产量的均质高分子量(HMW) DNA最大限度地利用长读测序技术的结果

伦敦,英国,11月30日,2020年11月30日/ B3C Ne金宝搏官网mgwswire / -英国基因组工具开发商,RevoluGen有限公司(Revolugen或公司),今天宣布推出其改进的火猴/消防型号8(FMV8)协议的新结果,展示了录制50GB +产量的Long DNA读取的原始数据大肠杆菌单一牛津纳米孔技术(ONT)矿物流动细胞的细菌样品。增加的产量在所有测序平台上提供了显着的潜在成本和性能优势,包括Pacbio和Illumina。

革命性的Fire Monkey/Fire Flower核酸分离和纯化(NAIP)技术提取了一系列均匀的长DNA,这是短读和长读DNA测序中重要的第一步。

FMV8协议在细胞裂解之前引入基于针吸血物的细胞重组步骤,其促进DNA恢复。旋转柱已被优化以递送均匀的高分子量DNA(HMW-DNA)从细菌和哺乳动物样品中萃取和纯化。为了大肠杆菌,FMV8协议允许ONT派对以36.7KB的令人印象深刻的N50来提供最佳测序吞吐量。将Q7切断的原始数据产量为30GB + DNA覆盖至28.5GB的柱子(见图1)。

“这是一个惊人的创纪录的性能,接近从ONT MinION流单元报告的最大性能”在Revolugen添加了Georgios Patsos,Inventor的技术和CSO的博士。

Patsos博士一直专注于改善Fire Monkey的输出,因为它是在2018年推出的第一次原型(图2)。2019年2月提交的新专利大大提高了FMV5协议的FMV8的性能。FMV8协议现在包括细胞再悬浮步骤,其在裂解阶段之前将细胞除去细胞以使得能够更好地将个体细胞暴露于裂解化学物质。

“这些结果也使ONT MinION能够维持更大的复用潜力,因为吞吐量越大,可以复用的就越多。为每个ONT MinION流单元提供超过30Gb的数据是一个显著的创纪录性能。这接近ONT MinION流单元的最大可能。从理论上讲,这样的结果能够处理多达60个细菌样本的多路复用,达到100倍覆盖水平。这样的产量可以提高生物信息学组装的错误率,并可能将其降低到接近于零的水平。

RevoluGen目前正专注于自动化,并提高其NAIP试剂盒的总测序成本。美元/Gb的成本可能是未来市场接受短读测序和长读测序的关键决定因素之一。使用Tecan公司提供的Fluent 780系统,Fire Monkey流程的自动化以96井板形式进行。FMv8协议至少使其产生的“不太短也不太长”的同质HMW DNA的提取率提高了一倍,平均DNA片段长度约为100kb,可以立即用于文库准备。ONT MinION流电池通过更慢的磨损和更大的数据产量来响应在这个过程中呈现给它的材料。小片段数量的减少意味着它们不会垄断来自毛孔的早期阅读,而DNA长度的减少减少了它们对毛孔的干扰作用。

Patsos博士被邀请在12月1-3日举行的牛津纳米孔社区会议上展示海报,并将展示这些数据以及自动化方面的进展。

Patsos博士说“我真的被这些结果兴奋了。Fire Monkey Development一直是世界上唯一的旋转专栏套件的持续改进,才能提取和净化均匀的HMW DNA。我们最新的结果使能有点圆圈;在高N50值下加倍的数据产量在同时显着降低$ / GB测序成本,这些更大的收益率承诺从多路复用运行中的整个细菌基因组的无错误组装附近。“

对于短读和长读取的应用,防火猴技术的市场跨细菌和哺乳动物测序多重和快速生长。存在外部验证,使用火猴提取的DNA可以用于任何DNA测序平台,包括磁性血酮流动细胞,PACBIO的SMRT细胞和Illumina的系统。

当防火猴子独立使用时,提取用PACBIO系统测序的HMW-DNA,它产生了如此高产率为139GB,即PACBIO测序的一次性成本以低于10 / GB的价格计算。类似的提高来自火猴V8的产量产生的HMW-DNA,使得ONT型成型序列的一次性组分的成本降至35美元/ GB。这增强了将长读测序成本带来更接近短读取测序成本的趋势(图3)。

使用Fire Monkey进行DNA提取还可以让Illumina用户选择执行短读DNA测序,并能够返回完全相同的样本进行长读测序。当试图解决结构变化或长时间重复时,除了短读信息,这个选项提供了一个巨大的减少潜在的处理错误。

“我们的技术将短读和长读测序结合在一起,可以从相同的样本中进行测序,提供了实验灵活性和样品保存。基于更低的成本和卓越的性能,我们相信,我们可以成为全球40亿美元/年DNA测序市场的首选DNA提取技术。”总结革伦仁首席执行官,Pieter Haitsma Mulier。

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来自读取的DNA测序结果大肠杆菌根据Fire Monkey/Fire Flower v8协议的NAIP,在单个ONT MinION流细胞上进行细菌样本。版权RevoluGen。

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图2 Fire Monkey HMW NAIP的开发

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图3使用Fire Monkey可以降低$/GB的测序成本

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关于革新
Renolugen是一家私人举办的科研和发展公司,商业化分子工具,具有特定的重点,即快速提取细胞的长期和纯纯DNA片段。

Revolugen的核酸分离和纯化(Naip)产物具有特别应用在基因组组件和远程PCR的长读取DNA测序中。通过在方案中提取具有同时尺寸选择功能的长片DNA,消防猴显着提高了长读取的测序结果,该方案中内置的同时尺寸选择功能可最小化小片段DNA污染。独立使用,火花的尺寸选择方案可以提高任何提取试剂盒的分子比,并与所有测序技术相容。

公司总部、研发、制造和直接客户销售和支持均设在英国。RevoluGen为全球客户提供服务,并已与世界领先的分子生物学工具公司达成协议,包括Merck KGaA(销售)、Cytiva(制造)、Tecan(自动化)和A4P(物流)。

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苏查尔斯
RevoluGen公司的企业沟通和投资者关系主管
+44(0)7968 726585
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关键词:序列分析,DNA;脱氧核糖核酸;碱基序列;细菌;哺乳动物;聚合酶链反应;metagenomics;遗传学

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