Fire Monkey v8 HMW DNA提取提供30Gb+产自ONT MinION测序

RevoluGen标志

产量的增加可以将MinION的一次性成本提高到35美元/Gb, PacBio的一次性成本降低到< 10美元/Gb

  • Fire Monkey version 8 (FMv8)破纪录的30Gb+原始DNA数据大肠杆菌样品在单个Oxford Nanopore Technologies (ONT) MinION流池上(图1)。
  • 产量的增加提高了DNA回收率并改善了测序(图2)
  • 基于已实现的产量,Fire Monkey v8可以降低DNA测序的一次性成本:在ONT MinION上为35美元/Gb;在PacBio上降到10美元/Gb以下(图3)
  • Fire Monkey v8提取适合短读和长读测序的DNA,并为Illumina用户升级测序选项
  • 同质高分子量(HMW)DNA的高产量使长读取测序技术的结果最大化

2020年11月30日,英国伦敦/ B3C新闻专线/ -金宝搏官网mg英国基因组工具开发商,瑞沃根有限公司。(RevoluGen或公司)今天宣布其改进的Fire Monkey/Fire Flower 8版本(FMv8)协议的新结果,显示了破纪录的30Gb+长DNA读取原始数据大肠杆菌单个Oxford Nanopore Technologies (ONT) MinION流式细胞仪上的细菌样本。产量的增加为包括PacBio和Illumina在内的所有测序平台提供了巨大的潜在成本和性能优势。

RevoluGen的改变游戏规则的火猴/火花核酸分离和纯化(NAIP)技术提取均一范围的长DNA,这是短读和长读DNA测序的重要第一步。

FMv8协议在细胞裂解前引入了基于针吸的细胞再悬浮步骤,促进DNA恢复。自旋柱经过优化,可提供从细菌和哺乳动物样品中提取和纯化的均质高分子量DNA (HMW-DNA)。为大肠杆菌在美国,FMv8协议允许ONT MinION以令人印象深刻的36.7Kb的N50提供最佳测序吞吐量。在Q7切断后,30Gb+ DNA的原始数据产量转化为28.5Gb(见图1)。

“这是一项卓越的记录设置性能,接近ONT MinION flow cell报告的最大值”Georgios Patsos博士补充道,他是这项技术的发明人,也是RevoluGen的首席技术官。

自2018年Fire Monkey的首个原型机推出以来,Patsos博士一直专注于改进其输出(图2)。2019年2月提交的新专利极大地提高了FMv8在FMv5协议上的性能。FMv8协议现在包括一个细胞再悬浮步骤,在裂解阶段之前对细胞进行解块,使单个细胞更好地暴露于裂解化学物质中。

“这些结果还使ONT MinION能够保持更大的复用潜力,因为吞吐量越大,可以复用的数据就越多。促进每个ONT MinION流量单元超过30Gb的数据传输是一个显著的记录设置性能。这接近于ONT MinION流量单元的最大可能值。理论上,这样的结果能够处理一次最多60个细菌样本的复用,覆盖率达到100倍。这样的产量可以提高生物信息学组装的错误率,并可能将其降低到接近零的水平。”他说。

RevoluGen现在专注于自动化和提高其NAIP试剂盒生产的总美元/Gb测序成本。美元/Gb的成本可能是未来市场接受短读和长读测序的关键决定因素之一。采用帝肯提供的Fluent 780系统,以96孔板的形式对Fire Monkey工艺进行自动化。FMv8协议至少将其产生的“不太短也不太长”同质HMW DNA的提取率提高了一倍,平均DNA片段长度约为100kb,可立即准备文库。ONT微型流动单元对这个过程中呈现给它的材料的反应是磨损得更慢,产生的数据量也更大。较小片段数量的减少意味着它们不会垄断毛孔的早期读取,大量DNA长度的缺乏减少了它们对毛孔的干扰作用。

Patsos博士已被邀请在12月1日至3日的牛津纳米孔社区会议上展示海报,并将展示这些数据以及自动化方面的进展。

Patsos博士说“我对这些结果感到非常兴奋。Fire Monkey的发展是一个长期的故事,不断改进的世界上唯一的旋转柱工具包,提取和纯化同质HMW DNA。我们最新的研究结果促成了一种良性循环;在较高的N50值下,数据产量增加一倍,大大降低了$/Gb测序成本,同时,这些更高的产量有望在多路运行中几乎无错误地组装整个细菌基因组。”

Fire Monkey技术的市场广泛且快速增长,涵盖细菌和哺乳动物测序,无论是短读还是长读应用。经过外部验证,使用Fire Monkey提取的DNA可用于任何DNA测序平台,包括ONT的MinION flow cells、PacBio的SMRT cells和Illumina的系统。

当独立使用Fire Monkey提取HMW-DNA用于PacBio系统测序时,其产量高达139Gb, PacBio测序的一次性成本不到10美元/Gb。Fire Monkey v8的HMW-DNA产量也得到了类似的提高,这将ONT MinION测序一次性组件的成本降低到了35美元/Gb。这增强了使长读测序成本更接近短读测序成本的趋势(图3)。

使用Fire Monkey提取DNA还可以让Illumina用户选择执行短读DNA测序,并能够在长读测序会话中返回完全相同的样本。在尝试解决结构变化或长重复以及短读取信息时,此选项可大大减少潜在的处理错误。

“我们的技术将短读和长读测序结合在一起,实现了从同一样本中进行测序,提供了实验灵活性和样本节省。基于更低的成本和卓越的性能,我们相信我们可以成为全球40亿美元/年DNA测序市场中首选的DNA提取技术。”RevoluGen首席执行官Pieter Haitsma Mulier总结道。

图1
一项长时间的DNA测序结果大肠杆菌采用Fire Monkey/Fire Flower v8协议,在NAIP后的单个ONT小型流动池中采集细菌样本。版权所有RevoluGen。

图1
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图2 Fire Monkey HMW NAIP的发展

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图3使用Fire Monkey的廉价$/GB测序结果

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关于RevoluGen
revolgen是一家私营的科学研究和开发公司,商业化分子工具,专注于从细胞中快速提取长而纯的DNA片段。

revolution公司的核酸分离和纯化(NAIP)产品在基因组组装的长读DNA测序和远程PCR中有特殊的应用。Fire Monkey通过提取长片段DNA和协议中内置的同时大小选择功能,极大地提高了长片段测序结果,使小片段DNA污染最小化。Fire Flower的大小选择方案单独使用,可以提高任何提取试剂盒的分子比例,兼容所有测序技术。

公司总部、研发、制造、直接客户销售和支持均位于英国。RevoluGen为全球客户提供服务,并与世界领先的分子生物学工具公司达成协议,包括默克KGaA(销售)、Cytiva(制造)、帝肯(自动化)和A4P(物流)。

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查尔斯苏
RevoluGen公司传播和投资者关系主管
+ 44 (0) 7968 726585
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关键词:序列分析,DNA;DNA;碱基序列;细菌;哺乳动物;聚合酶链反应;宏基因组;遗传学

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